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La relación de los RNAt con el estado proliferativo de tejidos

El trabajo aborda la adaptación dinámica del conjunto de RNAt en relación con el estado proliferativo de cada tejido.


El análisis de la expresión diferencial de genes en distintos tejidos y sus diferencias en situaciones patológicas ha permitido desarrollar criterios diagnósticos que facilitan terapias personalizadas. En este contexto, la comprensión de la evolución de los mecanismos de regulación de la expresión, en especial en relación con patologías, es fundamental. En este trabajo, el grupo de L. Serrano de la UPF/ CRG en colaboración con un grupo del IEO (Milan), estudian los distintos patrones de RNAt y la abundancia relativa de variantes preferentes de codones-anticodones sinónimos en tejidos sanos y en varios tipos de cánceres. En particular se aborda la correlación entre la eficiencia transcripcional y traduccional con la adaptación dinámica del conjunto de RNAt en relación con el estado proliferativo de cada tejido.

 

A partir de los datos del TCGA (The Cancer Genome Atlas) se estudian patrones de perfiles de RNAt específicos de cada tejido en miles de muestras. Basándose tanto en el enriquecimiento del conjunto de genes como en la asociación con un marcador de proliferación, los análisis identifican el estado proliferativo de los tejidos como la principal función biológica que impulsa la variabilidad en las abundancias de ARNt y del uso de determinados codones-anticodones sinónimos. Se observa que la aberrante eficiencia traslacional de algunos codones en el cáncer, ejemplificada por ProCCA y GlyGGT, se asocia con una mala supervivencia del paciente. La metilación del promotor y el número de copias de los RNAt serían los dos mecanismos principales que regularían las abundancias de los distintos RNAt en cáncer. Este es el primer estudio con un abordaje de biología de sistemas sobre la eficiencia en la traducción de codones-anticodones sinónimos en miles de muestras que comprenden múltiples tejidos y enfermedades, demostrándose que las diferencias de abundancia de RNAt dependen del estado de proliferación, lo que determina un fenotipo específico del tejido, tanto en condiciones fisiológicas como patológicas.

 

Hernandez-Alias X, Benisty H, Schaefer MH, Serrano L. 2020. Translational efficiency across healthy and tumor tissues is proliferationrelated. Mol Syst Biol. 16(3):e9275. doi: 10.15252/msb.20199275.


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